多肽合成与引子合成有比较大的区别，不能合成的引子很少，但是不能合成的多肽经常有。如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr这些氨基酸比邻或重复时，多肽链在合成过程中不能完全舒展溶解，合成效率下降。以下几种情形，合成效率和产物的纯度都比较低，如：重复Pro,Ser-Ser，重复Asp，4个连续Gly等.