FRET肽是研究肽酶特异性的便利工具，由于其反应过程可被连续监测，为酶活性的检测提供了一个便捷的方法。当FRET肽是完整的，表现出的是内部的荧光猝灭，但当供体/受体对的任何肽键断裂就会释放出荧光，此荧光可被连续检测，从而可对酶的活性进行定量分析。

1.Fluorescein and Dabcyl:FAM/Lys(Dabcyl)

2.Fluorescein and Tamra: FAM/TAMRA

3.Methoxy-coumarin-acetic-acid(MCA)and 2,4-Dinitrophenyl(DNP): MCA/Lys(Dnp). 

4.Ortho-aminobenzoic acid (Abz) and 2,4-dinitrophenyl (Dnp) orN-(2,4-dinitrophenyl)ethylenediamine(EDDnp): Abz/Tyr (NO2), Abz/EDDnp

5.Dabcyl and Glu(EDANS)